De definitieve aanwijzing van de Speciale Beschermingszones (SBZ’s) gaat gepaard met het vastleggen van de instandhoudingsdoelstellingen (IHD’s). Deze IHD’s bestaan uit kwantitatieve en kwalitatieve doelen. Ze beschrijven de streefwaarden of ecologische vereisten om tot de vooropgestelde staat van instandhouding te komen. IHD’s worden bekrachtigd door de gewestregering in de vorm van regeringsbesluiten. Voordat ze worden bekrachtigd, worden ze onderworpen aan een openbaar onderzoek.

Sinds 2010 zijn de voorbereidende IHD-rapporten voor de drie SBZ’s afgewerkt en vertaald. Deze rapporten dienen als basis voor de wettelijke besluiten ter definitieve aanwijzing van de de SBZ’s.

Deze instandhoudingsdoelstellingen vormen een zeer belangrijk toetsingskader, zowel voor de zesjaarlijkse NATURA 2000-rapportage aan de Europese Commissie over de vooruitgang van het Natura 2000-project, als voor ieder plan of project met een mogelijke negatieve impact op een NATURA 2000-gebied, en waarvoor dus een passende beoordeling moet worden opgemaakt.

Naast de instandhoudingdoelstellingen voor ieder van de 3 SBZ’s, worden ook beheerplannen opgesteld per Natura 2000-deelgebied. Zo’n deelgebied komt vaak overeen met een afbakening van een park (vb. Woluwepark), of een groot privé-eigendom (vb. Charle-Albert kasteel). In totaal zijn er 48 deelgebieden verspreid over de 3 SBZ’s. De beheerplannen beschrijven gedetailleerd de beheermaatregelen die noodzakelijk zijn om tot een gunstige staat van instandhouding te komen.