De kwalitatieve (of chemische) toestand van het grondwater hangt af van de naleving van de kwaliteitsnormen voor nitraten en pesticiden (en de afbraakproducten daarvan) en van de drempelwaarden die zijn vastgesteld voor een lijst van relevante parameters van verontreinigende stoffen voor grondwater, gespecificeerd per waterlichaam  overeenkomstig de Europese voorschriften. Deze normen en drempelwaarden zijn opgenomen in bijlage II van het besluit van de Regering van 10 juni 2010 betreffende de bescherming van het grondwater tegen verontreiniging en achteruitgang van de toestand.

Om deze kwalitatieve doelstellingen te bereiken, is het met name de bedoeling om directe lozingen te verbieden en de indirecte lozingen van bepaalde verontreinigende stoffen in het grondwater te beperken. Een koninklijk besluit van 19 juni 1989 betreffende de bescherming van het grondwater tegen verontreiniging veroorzaakt door stoffen die gevaarlijk, schadelijk of toxisch zijn voor het Brussels Hoofdstedelijk Gewest, bevat de lijst van stoffen die het grondwater kunnen wijzigen, waarvan de directe of indirecte lozingen verboden of vergunningsplichtig zijn en waarvan de details worden gespecificeerd.

In waterwinningsgebieden voor menselijke consumptie en de bijbehorende beschermingszones, worden ook verbodsbepalingen en eisen gesteld die bepaalde activiteiten aan strikte voorwaarden onderwerpen (besluit van de Regering van 19 september 2002).
Hetzelfde geldt voor de wetgeving inzake het gebruik van pesticiden, waar elk gebruik verboden is, zowel in de waterwinningsgebieden als in de beschermingsgebieden en binnen een straal van 10 m rond de winningspunt.